De Marnix Academie wil milieu- en duurzaamheidsmaatregelen opnemen in de alledaagse bedrijfsvoering en organisatie. Daarvoor is in 2019 een project gestart voor het opstellen van een Strategisch Huisvestingplan. 

De academie is een Unesco-hogeschool. Daarmee laat de school zien dat zij een maatschappelijk betrokken school is die zich sterk maakt voor mondiale solidariteit, interculturele dialoog, ondernemend burgerschap en duurzaamheid. Deze hogescholen hebben zich verbonden aan het klimaatakkoord. Onderdeel daarvan is het opstellen van een sectorale routekaart, hierin is in hoofdlijnen opgenomen in hoeverre de sector kan bijdragen aan de realisatie van de kabinetsdoelstellingen van 95% CO2-reductie in 2050 ten opzichte van 1990.

De Marnix Academie maakt elk jaar een Milieujaarverslag, hiermee monitoren ze de energiekosten en -verdiensten. Zo houdt de school oog op de duurzaamheidsdoelen. Ze dienen een versie in bij de RVO en publiceren een versie voor studenten en medewerkers.

De facilitaire dienst ziet voor zichzelf een belangrijke rol weggelegd als het gaat om goede milieuzorg binnen de Marnix Academie. De dienst geeft op een verantwoorde wijze invulling aan milieuzorg en legt de nadruk op preventie van de milieubelasting en de continue verbetering. 

Er is extra aandacht voor maatregelen in het kader van proces efficiency zoals het beperken van energieverbruik. Maar er is ook steeds meer aandacht en bewustwording voor maatregelen in de categorie keten efficiency, bijvoorbeeld voor het inkopen van duurzame of hergebruikte kantoorartikelen en -materialen.